為應西元（以下同）2011 年日本《公文書管理法》施行，東京大學文書館於2014 年成立，其性質即屬大學檔案館，2015 年被指定為日本國立公文書館體系。該館組織有兩大特徵，一是由大學史部門、法人文書部門、電子檔案部門等三部門組成；二是擁有本鄉校區的本館及柏校區的分館等兩個館舍。東京大學文書館的三部門制涵蓋了三大業務：史料編纂與大學史研究（承續其前身東京大學史史料室）、配合《公文書管理法》進行法人文書檔案移交作業，以及支援前兩者的數位化技術開發。而兩個館舍的設置，則可於大學本校區提供便捷的參考諮詢服務，並於近郊校區確保資料的保存空間。